Pelaksanaan SAP di sekolah akan banyak menghadapi kendala namun demikian dari sisi teknik , financial serta sumberdaya manusia system SAP masih memungkinkan diterapkan dilingkungan sekolahan, hanya saja perlu diatasi terlebih dahulu kendala-kendala yang akan terjadi saat pelaksanaan implementasi system SAP. Fungsi leadership dan manajemen akan sangat memegang peranan penting dalam proses implementasi system SAP disekolahan, karena kendala terbesarnya adalah masalah non teknis yang lebih banyak memerlukan sentuhan managerial dalam penanganan problem yang terjadi dilapangan.