ABSTRAKSI: Permasalahan rekonstruksi pohon filogenetik merupakan analisis yang sangat penting dalam ilmu genetika. Hal ini merupakan aspek fundamental untuk lebih memahami struktur, fungsi dan jarak genetik protein dari DNA spesies. Rekonstruksi tree yang baik adalah yang menghasilkan skor keterhubungan antar spesies yang paling minimum.
Optimasi dalam rekonstruksi pohon filogenetik merupakan masalah yang sudah umum dan telah dipelajari dalam waktu yang lama, namun perlu dicari metodologi yang terbaik dari beberapa metodologi yang memungkinkan dalam kasus ini.Pada Tugas Akhir ini, dibahas penerapan algoritma Ant Colony Optimization (ACO), pada kasus rekonstruksi pohon filogenetik ini.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa algoritma Ant Colony Optimizationdapat diterapkan pada permasalahan optimasi dalam rekonstruksi pohon filogenetik. Keefektifan algoritma ini diterapkan dan diuji pada empat buah data set. Dari test yang telah dilakukan menunjukkan bahwa pendekatan ini dapat memberikan solusi yang baik dengan menghasilkan skor yang minimal antar species.Kata Kunci : rekonstruksi, optimasi, filogenetik, ACOABSTRACT: Reconstruction of phylogenetic tree problem is an important analyse in genetic science. It is a fundamental aspect to understand the structure, function and the genetic distances from the DNA’s species. The best of reconstruction tree by giving the minimum score from the distances between each species.
Optimization in reconstruction of phylogenetic tree is a general problem that have been studying for a long time, but still have to search the best methodology from the each possibility metodology for this case. In this Final Assignment we will discusse about the implementation of Ant Colony Optimization (ACO) for this reconstruction of phylogenetic tree case.
The result of this experiment shows that this Ant Colony Optimization (ACO) for algorithm can be applied in this optimization problem for reconstruction of phylogenetic tree. The effectiveness of this algorithm is applied and tested for four datasets. Preliminary test shows that this approach can give a good solution with minimal score from the distances between each species.Keyword: reconstruction, optimization, phylogenetic, ACO