Sebagai saluran yang berlubang dan bersentuhan langsung dengan lingkungan luar tubuh, terdapat risiko paparan mikroorganisme udara. Saluran respiratorius menjadi tempat paling umum yang diinvasi patogen dan terjadi infeksi. Berbagai macam organisme yang dapat menginfeksi dibahas pada bagian Mikrobiologi yang mencakup bakteri, virus, dan jamur pada saluran respiratorius. Patologi Klinik dan Patologi Anatomi membahas jenis pemeriksaan-pemeriksaan laboratorium dan penunjang lain untuk menegakkan diagnosa, pemilihan terapi, dan evaluasinya. Patogenesis dari penyakit saluran napas dibahas juga pada bagian ini. Obat-obatan yang digunakan untuk mengurangi gejala dan mengatasi keadaan patologis yang terjadi pada sistem respiratorius dibahas pada bagian Farmakologi.