Pembangunan aplikasi Presensi dan Cuti Pegawai Koperasi Serba Usaha Siboto Lungun didasari oleh hasil wawancara dan melihat keadaan langsung yang masih menggunakan metode tulis tangan, yang memakan waktu dan penyimpanan yang belum terjamin keamanannya serta tidak ada backup data. Melihat permasalahan tersebut muncul suatu gagasan untuk membangun sebuah aplikasi berbasis web yang di dalamnya ada pengguna fitur seperti: Presensi kehadiran, cuti, dan laporan. Presensi yang dilakukanlah menggunakan Tap Radio-frequency identification (RFID). Bahasa pemograman yang digunakan adalah PHP, pembangunan aplikasi menggunakan model waterfall, database yang digunakan MySQL, editor yang digunakan Sublime, web server yang digunakan adalah Apache. Tools pemodelan yang digunakan BPMN, UML yang terdiri dari Use case, Class, Sequence Diagram, dan ERD. Pengujian dengan Blackbox pada aplikasi yang dibangun, seluruh user difasilitasi melakukan presensi dan cuti, sedangan mencetak laporan dapat dilakukan oleh bagian kepegawaian, dan atasan memiliki peran dalam mengawasi setiap data yang masuk dengan laporan yang diserahkan oleh pihak kepegawaian.
Kata Kunci: Presensi, Cuti, Aplikasi, PHP, Database