Abstrak
Dinamika molekuler adalah suatu metode simulasi komputer yang mempresentasikan interaksi antara atom dan molekul selama periode waktu tertentu. Simulasi dinamika molekuler menggunakan besaran percepatan dan kecepatan partikel untuk menentukan posisi pergerakan partikel. Pada penelitian sebelumnya, simulasi dinamika molekuler biasa dilakukan dengan menggunakan metode Velocity Verlet dan Predictor-Corrector. Simulasi dinamika molekuler memerlukan waktu komputasi yang lama karena jumlah partikel yang sangat banyak. Oleh karena itu pada penelitian tugas akhir ini, digunakan metode Velocity Verlet dan Predictor-Corrector yang dijalankan secara paralel menggunakan Compute Unified Device Architecture (CUDA) yang bertujuan untuk mengurangi waktu komputasi. Dengan menjalankan simulasi paralel dengan CUDA, simulasi dinamika molekuler menggunakan metode Velocity Verlet dan Predictor-Corrector berjalan lebih cepat dibandingkan dengan dijalankan secara serial di CPU dengan total speedup mencapai 2.9 kali lebih cepat.
Kata Kunci: CUDA, Dinamika Molekuler, Predictor-Corrector, Velocity Verlet.