PT Neuronworks Indonesia merupakan perusahaan yang bergerak di bidang teknologi informasi. PT Neuronworks Indonesia berdiri pada tahun 2005 dari tugas kelompok di STT Telkom untuk membentuk sebuah CV. PT Neuronworks Indonesia sudah mempunyai aplikasi penggajian yang bernama Door, sistem presensinya juga telah terintegrasi dengan fingerprint. Namun pada aplikasi tersebut tidak memiliki laporan keuangan seperti jurnal, dan buku besar, maka pencatatan laporan keuangan tersebut masih manual dengan bantuan aplikasi Microsoft Excel, hal ini akan memungkinkan terjadi kesalahan pada proses pencatatan ataupun kesalahan perhitungan lainnya. Kemudian sering terjadinya kesalahan pada proses identifikasi pada presensi, dan kinerja scanner kurang maksimal, hal ini akan berpengaruh pada proses penggajian pegawai, maka penulis membuat aplikasi penggajian di PT Neuronworks Indonesia ini dengan metode prototype. Bahasa pemrograman yang dipakai adalah PHP dengan kerangka kerja CodeIgniter (CI) yang terintegrasi dengan RFID. Pengujian seluruh fungsionalitas aplikasi dilakukan dengan menggunakan metode black box testing, dengan tujuan dapat melakukan konfirmasi presensi pegawai yang terintegrasi dengan RFID, dapat menghitung gaji sesuai dengan PPh Pasal 21, mampu membuat catatan akuntansi dari proses penggajian mulai dari jurnal, buku besar, dan neraca saldo, serta menyajikan aplikasi yang dapat menampilkan laporan penggajian yang dapat dilihat oleh HRD dan Manager.
Kata Kunci: Aplikasi, Penggajian, PHP, CI, RFID, PPh Pasal 21