Penyakit kanker merupakan salah satu penyebab kematian sebagian besar negara. Saat ini data ekspresi gen kanker telah banyak dilakukan penelitian untuk keperluan diagnosis dini sehingga mengurangi tingkat kematian. Pada tugas akhir ini dilakukan penelitian tentang klasifikasi ekspresi gen penyakit kanker menggunakan Adaptive-Network-based Fuzzy Inference System (ANFIS) dengan Ant Colony Optimization (ACO) sebagai fitur seleksi. Data yang merupakan data kanker yang didapat dari Kent Ridge Biomedical Data Set Repository. Hasil akurasi yang didapatkan dipengaruhi oleh beberapa faktor, di antaranya jumlah semut dan jumlah atribut gen. Hasil akurasi terbaik yang didapatkan untuk data colon tumor sebesar 94,73% dan data lung cancer sebesar 100%.