Aplikasi Pengelolaan Presensi dan Penggajian Karyawan pada Madrasah Aliyah Persis Ciganitri adalah aplikasi yang digunakan untuk membantu proses input kehadiran dan penggajian karyawan di Madrasah Aliyah Persis Ciganitri. Akan tetapi, pada proses bisnis yang berjalan terkadang terdapat beberapa masalah yaitu petugas piket tidak membaca izin karyawan karena obrolan bisa tertimbun dengan obrolan yang lainnya dan juga memungkinkan karyawan yang ingin izin tetapi bersifat privacy atau rahasia. Kurangnya ketelitian bendahara pada saat menghitung gaji dikarenakan banyaknya berkas keuangan. Berdasarkan permasalahan tersebut, dibangun aplikasi yang dapat membantu karyawan dalam penginputan absensi, membantu penginputan kehadiran oleh petugas piket, membantu mengelola penggajian oleh bendahara dan approve penggajian oleh kepala sekolah. Aplikasi ini dibangun dengan menggunakan metode Waterfall, basis data MySQL dan framework CodeIgniter (CI). Pengujian aplikasi ini menggunakan metode black-box testing dan hasil pengujian membuktikan bahwa aplikasi ini telah memberikan solusi dari permasalahan.
Kata Kunci: presensi, Madrasah Aliyah Persis Ciganitri, CodeIgniter (CI), MySQL.