Beberapa waktu setelah militer AS dipanggil untuk melawan tentara kera yang semakin cerdas dan berbahaya, klan kera yang dipimpin oleh simpanse Caesar, diserang di hutan oleh faksi paramiliter jahat yang dikenal sebagai Alpha-Omega (AO). AO juga memiliki kera dalam layanannya yang mereka panggil "Keledai" yang sebelumnya mengikuti Koba, seekor bonobo pembenci manusia yang memimpin sebuah kudeta gagal terhadap Caesar. Selama serangan tersebut, militan AO berhadapan dengan perlawanan kera yang berat, dan beberapa tentara, termasuk gorila Red, ditangkap dan dibawa ke sebuah pangkalan rahasia di dalam sebuah gua yang tersembunyi oleh air terjun. Caesar tiba dan mengungkapkan kepada para tahanan bahwa bukan dia yang memulai perang, dan sekarang dia hanya bertempur untuk melindungi keluarganya dan para kera lainnya