Tuntutan akuntabilitas atas lembaga-lembaga publik, baik pusat maupun daerah menyebabkan seluruh instansi pemerintah menyusun perencanaan strategik, melakukan pengukuran kinerja dan melaporkannya. Sebagai organisasi sektor publik, pemerintah daerah dituntut untuk memiliki kinerja yang berorientasi pada kepentingan masyarakat dan mendorong pemerintah untuk senantiasa tanggap terhadap lingkungannya, dengan berupaya memberikan pelayanan terbaik secara transparan dan berkualitas, disamping itu pemerintah daerah juga dituntut untuk melakukan pembagian tugas yang baik pada pemerintahan yang ada dilingkungan daerah tersebut. Namun, akuntabilitas kinerja instansi pemerintah di Indonesia masih tergolong rendah, karena pada tahun 2014 yang mendapatkan nilai A, BB dan B hanya berjumlah sembilan provinsi dari 34 provinsi. Kemudian mengalami peningkatan pada tahun 2015 yaitu menjadi 17 provinsi dan sisanya sebesar 16 provinsi mendapatkan nilai C atau CC dan bahkan masih ada provinsi yang mendapatkan nilai D.
Penelitian ini bertujuan untuk menguji pengaruh penerapan sistem akuntansi pemerintah daerah, pemahaman akuntansi dan aktivitas pengendalian terhadap akuntabilitas kinerja instansi pemerintah. Sehingga variabel independen yang digunakan adalah penerapan sistem akuntansi pemerintah daerah, pemahaman akuntansi dan aktivititas pengendalian, sedangkan variabel dependen dalam penelitian ini adalah akuntabilitas kinerja instansi pemerintah.
Penelitian ini menggunakan deskriptif bersifat kausal. Populasi dalam penelitian ini adalah seluruh SKPD Dinas Kabupaten Biak Numfor. Metode pengambilan sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah purposive sampling dengan jumlah sampel sebanyak 44 responden. Data yang digunakan dalam penelitian ini adalah data primer dengan menggunakan kuesioner. Metode analisis yang digunakan dalam penelitian ini adalah analisis deskriptif dan analisis regresi linear berganda.
Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa penerapan sistem akuntansi pemerintah daerah, pemahaman akuntansi dan aktivitas pengendalian secara simultan berpengaruh signifikan terhadap akuntabilitas kinerja instansi pemerintah. Secara parsial, penerapan sistem akuntansi pemerintah daerah tidak berpengaruh terhadap akuntabilitas kinerja instansi pemerintah, pemahaman akuntansi berpengaruh terhadap akuntabilitas kinerja instansi pemerintah, dan aktivitas pengendalian tidak berpengaruh terhadap akuntabilitas kinerja instansi pemerintah.
Berdasarkan hasil penelitian ini, diharapkan pada SKPD Dinas Kabupaten Biak Numfor dapat terus meningkatkan akuntabilitas kinerjanya, sehingga dapat mencapai nilai yang memuaskan yaitu dengan menerapkan sistem akuntansi sesuai dengan SAP, memberikan pelatihan yang rutin kepada para pegawai agar lebih paham mengenai akuntansi, dan terus memperbaiki aktivitas pengendalian yang ada.
Kata kunci: Penerapan Sistem Akuntansi, Pemahaman Akuntansi, Aktivitas Pengendalian dan Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah