Satu kapal selam rakitan, dua remaja nekat, dan jutaan misteri di dasar Palung Agung.
Bagi Yunus Bahari, laut bukan sekadar rahim purba tempat kehidupan bermula, tetapi juga tempat peradaban lain bersembunyi di dasarnya. Keyakinan itulah yang membuat ahli maritim tersebut dianggap gila karena berusaha mencarinya ke Palung Agung. Sayang, dia tewas secara misterius dalam ekspedisinya ke palung tersebut.
Cucunya, Yunan, menolak kabar itu. Lima tahun kemudian, bersama sahabatnya, Mutiara, dia memulai pencarian dengan kapal selam rakitannya: Paus Yunus. Namun, apakah Kakek Yunus memang masih hidup? Di tengah ketidakpastian dan mara bahaya laut, keduanya menjumpai beragam spesies asing yang memunculkan pertanyaan: adakah mereka berasal dari “Kota Dalam” di Palung Agung? Dan apakah peradaban tersebut benar-benar ada?
Ekspedisi Paus Yunus lahir dari kegelisahan tentang relasi manusia dengan laut—yang melahirkan kehidupan, tetapi kini harus menanggung beban peradaban manusia. Melalui petualangan yang dibalut romansa, fantasi, fiksi-ilmiah spekulatif, pembahasan teologi, dan kritik ekologi, novel ini mengajak pembaca bertanya: bagaimana seharusnya manusia hidup berdampingan dengan alam yang melahirkannya?